Peptisen ulkuksen lääkehoidon tarkoituksena on nopeuttaa oireiden ja ulkuksen paranemista, estää komplikaatioita ja haavan uusiutumista. Lääkehoito vähentää tai poistaa limakalvoa vaurioittavia tekijöitä, kuten suolahappoa, pepsiiniä ja bakteereita. Teho voi perustua myös limakalvon omien suojamekanismien tukemiseen. Hoidossa on tärkeää puuttua myös särkylääkkeitten käyttöön ja tupakointiin, jotka tiedetään merkittäviksi ulkustaudin patogeneettisiksi tekijöiksi. Helikobakteerin häätöön ryhdytään, jos tauti on vaikeasti hoidettava, komplisoitunut tai jatkuvasti uusiutuva, niin että potilaalle on harkittu pitkää estohoitoa tai leikkausta.