Lääkäreiden edunvalvonta on vähitellen siirtymässä yhä enemmän paikallisesti hoidettavaksi. Samalla luottamusmiesten asema edunvalvojina korostuu. Luottamusmiesten tukena toimivat paitsi Lääkäriliiton virkamiehet, myös paikallisosastot ja liiton aluepäällikköjärjestelmä. Lääkäriliiton edellisen valtuuskuntakauden aikana pohdittiin useissa työryhmissä liiton paikallisorganisaation toimintaa ja siinä mahdollisesti tarvittavia muutoksia. Työryhmien työskentelyn lähtökohta oli se, että jokaisella liiton jäsenellä on oikeus kuulua aktiivisesti toimivaan paikallisosastoon. Viimeksi asiaa selvitti paikallisorganisaatiotyöryhmä, jossa olivat edustettuina paikallisosastojen puheenjohtajat, aluepäälliköt, luottamusmiehet ja liiton toimisto. Lääkäriliiton hallitus hyväksyi työryhmän ehdottamat toimenpiteet joulukuussa 2003 pidetyssä hallituksen kokouksessa.

Paikallisosastojen yhdistämistä suuremmiksi kokonaisuuksiksi ei pidetty tarpeellisena, elleivät alueen lääkärit sitä itse halua. Uusi osasto voidaan perustaa, mikäli se nähdään alueella tarkoituksenmukaiseksi ja järkeväksi. Eri toimintasektoreilla toimivat lääkärit voivat kuulua joko samaan paikallisosastoon tai varsinkin suurilla paikkakunnilla lääkärit voivat jakaantua toimintasektoreittain eri osastoihin. Lääkäriliitto pyrkii aktivoimaan paikallisosastojen toimintaa tukemalla alueellisia luottamusmiestapaamisia ja järjestämällä yhteisiä koulutustilaisuuksia ja antamalla toimintaohjeita tarvittaessa. Paikallisosaston johtokunnan tulisi edustaa alueen eri lääkäriryhmiä tasapuolisesti, vaikka selviä kiintiöitä ei haluta asettaa. Tärkeintä on, että johtokuntaan valittavat jäsenet osallistuvat aktiivisesti osastonsa toimintaan ja nauttivat alueellaan kollegoiden luottamusta. Toiminnan jatkuvuuden takaamiseksi tulisi johtokuntaan kuulua myös nuorempia kollegoita. Kevät- ja syyskokouksissa toivotaan käsiteltävän sääntömääräisten asioiden ohella myös ajankohtaisia, alueen lääkäreitä kiinnostavia kysymyksiä.

Lääkäriliitolla on tällä hetkellä seitsemän aluepäällikköä, joiden tehtävänä on työrauhan aikana toimia liiton edustajina paikallisosastojen kokouksissa, järjestää alueellisia luottamusmiespäiviä ja antaa tukea sekä paikallisosastoille että luottamusmiehille.

Nykyisin aluepäälliköiden vastuualueet ovat olleet kooltaan hyvin erilaisia ja siten työllistäneet aluepäälliköitä epätasaisesti. Lääkäriliiton hallitus päättikin perustaa kaksi uutta aluepäällikköaluetta: Vaasan ja Mikkelin vastuualueet. Näistä Vaasan vastuualue käsittää ruotsinkielisen Pohjanmaan ja Ahvenanmaan. Tarkoituksena on löytää sujuvasti ruotsia puhuva kollega aluetta hoitamaan.

Aluepäälliköt toimivat puhtaasti vapaaehtoisina ja palkattomina ammattiyhdistysihmisinä käyttäen toimintaansa omaa aikaansa ja omia taloudellisia resurssejaan. Toisin kuin luottamusmiehet he eivät voi käyttää toimintaansa työaikaa, eikä työnantaja kustanna heidän työvälineitään. Hallitus antoikin talousvaliokunnan tehtäväksi arvioida aluepäälliköiden tarvitsemien työvälineiden, ansiomenetyskorvausten ja mahdollisesti maksettavien palkkioiden kustannusvaikutukset. Arvion valmistuttua asiaan palataan uudelleen.

Paikallisosasto- ja aluepäällikköjärjestelmä muodostettiin alun perin ylläpitämään alueellaan järjestövalmiutta. Koska lääkäreiden edunvalvonta on nykyisellään siirtymässä yhä enemmän paikallisesti hoidettavaksi, korostuu myös paikallisosastojen ja aluepäälliköiden merkitys luottamusmiesjärjestelmälle. Molemmat organisaatiot tukevat omalta osaltaan luottamusmiesten toimintaa ja tarjoavat luottamusmiehille yhteisen alueellisen keskustelufoorumin. Vahva ja toimintakykyinen paikallisorganisaatio on koko Lääkäriliiton selkäranka.