Apulais- ja kliinisten opettajien palkkakehitys on jäänyt jälkeen mm. kuntasektorin lääkärien palkoista 2000-luvulla. Vuosina 2000-2007 opettajien palkat nousivat 27,5 %, kun samanaikainen kehitys kuntasektorilla oli 42,1 %. Lääkärin siirtyessä sairaalan erikoislääkärin virasta opettajan tehtäviin hänen palkkansa yleensä laskee.

Lääkäriopettajien palkka määräytyy yliopiston tutkimus- ja opetushenkilöstön tehtävien vaativuusluokituksen (TVA) ja henkilökohtaisten lisien mukaan. Uuden palkkausjärjestelmän (UPJ) tullessa yliopistoihin vuonna 2006 tarkoituksena oli, että apulais- ja kliinisten opettajien tehtäväkohtainen palkka asettuisi TVA-tasoille 6-7, joihin saatiin kriteeriksi erityisesti lääkäriopettajien arviointia varten mm. "itsenäinen ja laaja vastuu kliinisestä työstä". Tasolla 6-7 heidän palkkansa lisineen olisi kilpailukykyinen sairaalan erikoislääkärin palkan kanssa.

UPJ:ää käyttöön otettaessa tasoarvioinnit jouduttiin yliopistoissa tekemään sen mukaan mihin raha riitti. Valitettavasti tilanne ei ole korjaantunut vieläkään. Apulaisopettajanimikkeillä keskimääräinen TVA-taso on edelleen 5,9 ja kliinisillä opettajilla 6. Sairaanhoitopiirit ovat kompensoineet yliopiston matalaa palkkatasoa nostamalla sairaalan palkkaa. Vastineeksi voidaan edellyttää kuitenkin sairaalan työpanoksen kasvua, jolloin aika opetus- ja tutkimustyöltä vastaavasti vähenee.

Yliopistolla palkat eivät liu. UPJ näyttää vanginneen opettajat tasoluokkiin. Ongelmana on myös liian kapea palkkahaarukka sekä opettajilla että professoreilla ja lasikaton aiheuttava professoreiden suhteellisen matala palkkataso. Aalto-yliopistossa on nähty tarvetta nostaa joidenkin nimikkeiden palkka irti tasoluokista. Ehkä tämä avaa tien myös lääkäriopettajien palkkauksen kohentamiseen. Toisaalta, yliopistojen rahoitusvajeet voivat hankaloittaa tilannetta entisestään.

Opetus- ja tutkimushenkilöstön määrä on vähentynyt noin neljänneksellä 2000-luvulla, kun opiskelijoiden määrä on samanaikaisesti kasvanut. Opettajien ja oppilaiden määrän epäsuhta vaikeuttaa etenkin pienryhmäopetuksen järjestämistä. Tänä keväänä Oulun ja Itä-Suomen yliopistoissa on käyty YT-neuvottelut henkilöstön vähentämiseksi taloudellisen tilanteen takia. Vähennys ei kohdistu suoraan opettajiin, mutta tukihenkilöstön väheneminen vaikuttaa opettajien työhön opetuksen käytännönjärjestelyn siirtyessä enemmän heille.

Opettajien ahdinko on myös lääketieteellisen tutkimuksen ja opetuksen sekä opiskelijoiden ahdinko. Lääkäriopettajien ja professoreiden palkka tulisi korjata vähintään oikealle TVA-tasolle ja lukumäärä riittäväksi suhteessa opiskelijoihin, jotta meillä olisi lääkäriopettajia ja hyvää lääketieteellistä opetusta ja tutkimusta tulevaisuudessakin. n