Infektiot ovat monien eri sairauksien tärkeimpiä laukaisevia ja pahentavia tekijöitä tai komplikaatioiden aiheuttajia. Viime vuosina on saatu lisää todisteita siitä, että infektioilla on tärkeä merkitys myös kroonisten sairauksien synnyssä. Esimerkkejä tästä ovat mm. Helicobacter pylori -infektioon liittyvät ulkustauti ja mahasyöpä sekä hepatiitti B -infektioon liittyvät krooninen aktiivinen hepatiitti, glomerulonefriitti ja polyarteritis nodosa -tyyppinen vaskuliitti sekä maksasyöpä. Infektioilla näyttää olevan merkitystä myös sydän- ja verisuonisairauksien ja monen eri immuunisairauden synnyssä. On hyvin todennäköistä, että mikrobilääkkeitä tullaan lähivuosina käyttämään yhä enemmän kroonisten sairauksien hoidossa. Tämä tulee epäilemättä lisäämään entisestään mikrobilääkkeisiin liittyviä resistenssiongelmia.