Lasten virtsatieinfektion diagnoosin tulee olla varma, koska väärä diagnoosi johtaa turhaan hoitoon ja altistaa lapsen tarpeettomille tutkimuksille. Munuaistasoisen infektion hoidon pituus on vähintään 10 vuorokautta. Imeväisten hoito aloitetaan sairaalassa laskimonsisäisellä antibiootilla ja sitä jatketaan kuumeen laskettua suun kautta, leikki- ja kouluikäisten lieväoireiset munuaistasoisetkin infektiot voidaan sen sijaan hoitaa kokonaan suun kautta annetulla lääkityksellä avohoidossa. Kystiitin hoidoksi riittää 5 päivän mittainen lääkitys. Infektion jälkeen kaikille lapsille pitää tehdä munuaisten ja virtsateiden kaikukuvaus ja viittä vuotta nuoremmille myös miktiokystografia. Jatkotutkimukset määräytyvät löydösten perusteella.