Latentilla keliakialla tarkoitetaan tilaa, jossa henkilöllä on gluteeni-intoleranssi, mutta keliakialle tyypillinen limakalvomuutos kehittyy vasta myöhemmin. Tämä keliakian taudinkulku on osoitettu useissa tutkimuksissa. Latenttia keliakiaa on syytä epäillä, kun potilaalta todetut IgA-luokan retikuliini- tai endomysium-vasta-aineet viittaavat gluteeni-intoleranssiin, mutta ohutsuolen nukka on normaali. Tila lienee tavallinen keliakiapotilaan lähisukulaisilla. Latenttiin keliakiaan saattaa liittyä tulehdussolujen, etenkin gammas+-lymfosyyttien lisääntyminen ohutsuolen limakalvon epiteelissä. Nämä voidaan tutkia ohutsuolen jääleikkeestä immunohistokemiallisilla värjäyksillä.