Malarian estolääkitys on ongelmallista malarialoisen kehittämän lääkeresistenssin vuoksi. Lisäksi useilla lääkkeillä on haittavaikutuksia. Suurimmassa osassa Suomessa todetuista malariatapauksista syynä tartuntaan on ollut estolääkityksen laiminlyönti tai epäsäännöllisyys. Suurimmassa osassa malaria-alueita ensisijainen estolääkityssuositus on meflokiini, jonka vaihtoehtoina on atovakonin ja proguaniilin yhdistelmä tai doksisykliini. Alueille, joilla ei esiinny lääkeresistenttiä malariaa, suositus on klorokiini tai klorokiinin ja proguaniilin yhdistelmä. Koska mikään lääkitys ei anna täydellistä suojaa, hyttysen pistoilta suojautuminen on edelleen tärkein osa malarian ehkäisyä.