Mikrobiologisten selvitysten tavoitteena on osoittaa, poikkeaako rakennuksen mikrobisto tavanomaisesta pitoisuuksiltaan tai lajistoltaan. Näytteitä voidaan ottaa sisäilmasta, pinnoilta ja materiaaleista. Suoralla mikroskopoinnilla voidaan selvittää, onko näytteessä mikrobikasvua osoittavaa sienirihmastoa tai runsaasti itiöitä. Viljelemällä saadaan lisäksi selville, onko näytteen lajisto tavanomaisesta poikkeava. Tiettyjen mikrobisukujen läsnäolo osoittaa kosteusvauriota, ja jos kyseessä on toksiineja tuottava suku, nopeat toimenpiteet ovat erityisesti tarpeen.