Allergeenitutkimukset aloitettiin yksinkertaisina ihokokeina, joissa käytettiin puhdistamattomia raakauutteita. Nykyään on edetty jo yksittäisten allergeenimolekyylien rakenteen luonnehdintaan. Tosin ihokokeet säilyttävät jatkossakin merkittävän asemansa allergian diagnostiikassa. Yksittäisten allergeenien tunnistamisen ja puhdistuksen avulla sekä allergeenien ristireaktioiden sekä T- ja B-soluepitooppien selvittämisen myötä voidaan parantaa testi- ja hoitoaineiden herkkyyttä ja spesifisyyttä. Allergeenien tunnistaminen on avain haittareaktioiden mekanismien ymmärtämiseen.