Noin kahdella prosentilla naisista on synnytyselinten kehityshäiriö vaihdellen kohdun ja emättimen puuttumisesta kaksoiskohtuun. Osa vioista paljastuu nuorella iällä, koska kuukautisvuotoa ei ilmaannu tai synnytyskanavan tukkiva rakennevika aiheuttaa syklistä kipua. Pääosa yleisimmistä rakennehäiriöistä tulee ilmi raskauden aikana. Toistuvat keskenmenot, ennenaikaiset synnytykset ja sikiön tarjontapoikkeavuudet ovat tyypillisiä kohtuanomalioihin liittyviä raskaushäiriöitä, joskin raskaus voi edetä normaalisti kohtuviasta huolimatta. Emättimen kautta tehtävä kaikututkimus paljastaa poikkeavan kohdun usein jo ennen raskautta. Synnytyselinten rakennehäiriön tarkka diagnoosi on tärkeä arvioitaessa hoitotoimenpiteitä ja niiden vaikutusta hedelmällisyyteen ja raskauden ennusteeseen. Yleisin kehityshäiriö, kohdun väliseinä, hoidetaan kohtuontelon tähystysleikkauksessa. Munuaisten rakennehäiriö löytyy joka neljänneltä kohtuanomaliapotilaalta.