Varhaislapsuuden epilepsiat ovat usein vaikeahoitoisia, ja niihin liittyy huomattava pysyvien kehityshäiriöiden vaara. Varhaista tarkkaa diagnoosia tarvitaan oikean hoidon suunnittelemiseksi. Hoitotulos on hyvä, kun kohtaukset jäävät pois ja lapsen kehitys edistyy. Jos kehitys pysähtyy, kohtauksia on epäiltävä, vaikka niitä ei olisi havaittukaan. Lääkehoidossa pyritään mahdollisuuksien mukaan yksilääkehoitoon. Tehokkaat annokset ovat usein suhteellisesti suurempia kuin vanhemmille epilepsiapotilaille käytettävät. Jos kohtauksia ei saada hallintaan lääkkeillä, kirurgisen hoidon aihe ja mahdollisuudet on arvioitava viimeistään puolen vuoden kuluttua kohtausten alkamisesta.