Subkliinisessä hypertyreoosissa seerumin tyreotropiiniarvo on viitetason alapuolella ja muut kilpirauhasen toimintakokeiden tulokset viitealueella ylärajan tuntumassa. Tilan etiologia on sama kuin kliinisen hypertyreoosin, mutta syynä voi olla myös ylimitoitettu tyroksiinihoito. Ajan myötä kilpirauhasen lievä liikatoiminta altistaa eteisvärinän kehittymiselle, ja on myös viitteitä sen aiheuttamasta osteoporoosiriskistä varsinkin vaihdevuodet ohittaneille naisille. Subkliinisen hypertyreoosin hoidon tarvetta voi olla vaikea arvioida. Usein on tarkoituksenmukaisinta vain seurata tilannetta, mutta tietyissä tapauksissa tyreostaatti- tai radiojodihoito on hyvinkin aiheellinen.