Kuntoutuksella, joka nojaa lääketieteen lisäksi useaan muuhun tieteeseen, on arvioitu olevan yhä enemmän tarvetta ja siltä on vaadittu vaikuttavuuden osoittamista.

Kuntoutuksen vaikuttavuudella tarkoitetaan tieteellisen tutkimuksen osoittamaa näyttöön perustuvaa kuntoutusintervention vaikuttavuutta, esim. toimintakyvyn kohentumista tai syrjäytymisen ehkäistymistä. Kuntoutuksen vaikuttavuuden tutkimuksessa on käytetty myös satunnaistettuja kokeellisia tutkimuksia, ja ne sopivat useimpien kuntoutusmenetelmien vertailuksi.

Cohcrane-tietokannassa kuntoutuksesta on julkaistu jo 367 katsausta. Vaikuttavalle kuntoutukselle on tyypillistä varhainen aloittaminen, tarkka kohdentaminen, moniammatillinen toteutus, aktiivinen harjoittelu ja kuntoutuksen kohdistuminen yksilön lisäksi työ- ja elinympäristöön. Vankkaa näyttöä kuntoutuksen vaikuttavuudesta on erityisesti selkä-, sydän- ja neurologisissa sairauksissa sekä psykiatriassa.