Turun yliopistollinen keskussairaala kantoi päävastuun autolautta Estoniasta pelastettujen hoidosta heti onnettomuuden jälkeen. Ensihoitovaiheen ratkaiseviksi toiminnoiksi osoittautuivat hälytyksen tekeminen ja toiminnan organisoituminen. Tärkeimmäksi yksittäiseksi tehtäväksi ensihoitovaiheessa havaittiin potilaiden luettelointi. Eri tavoin vammautununeiden, eri kieliä puhuvien ja eri maista kotoisin olevien potilaiden hoitoa olisi ollut mahdoton järjestää hallitusti ilman sitä. Viranomaisten yhteistyö sujui hyvin. Suurin yllätys toiminnasta vastaaville TYKS:ssa oli suuronnettomuuteen liittyvä tiedotus, sen laajuus, kansainvälisyys ja vaativuus.