Suurin osa mikrobiologisia palvelututkimuksia tartuntatautien toteamiseksi tekevistä laboratorioista on pieniä terveyskeskusten tai työterveysasemien laboratorioita, joilla on suppea tutkimusvalikoima. Toimiluvan yhtenä edellytyksenä on, että kullekin tutkimukselle hankitaan puolueettoman tahon järjestämää ulkoista laadunarviointia.

Englantilaisen laadunarviointipalvelun UK NEQAS:n vuosien 1998-2003 tulosten mukaan suomalaisissa laajaa kliinisen mikrobiologian diagnostiikkaa tekevissä laboratorioissa oli saatu oikea tulos 96 %:ssa tutkituista yleisbakteriologian ja 89 %:ssa ulosteparasitologian näytteestä. Laadussa oli kuitenkin eroja laboratorioittain. __________________________________________________

Yleisbakteriologiassa parhaiten menestyivät yliopistojen ja yliopistosairaaloiden laboratoriot, huonoiten yksityislaboratoriot. Puutteita oli erityisesti anaerobisten bakteerien ja ns. ruokamyrkytysbakteerien diagnostiikassa. Ulosteparasitologiassa ongelmia tuotti erityisesti alkueläinten kystien tai ookystien ja harvinaisten parasiittien tunnistaminen oikein. Eräiden bakteerien diagnostiikan heikkoudet näyttävät jatkuneen ainakin 1990-luvun puolivälistä saakka.