Viranomaiset ylläpitävät lakisääteisesti useita väestön terveydentilaa ja terveyspalvelujen käyttöä koskevia rekistereitä. Rekisterien pääasiallinen käyttötarkoitus on tilastotuotanto ja terveydenhuollon toiminnan seuranta, mutta myös väestön terveyttä ja terveysturvaa koskevassa tutkimuksessa niillä on tärkeä ja viime vuosina lisääntynyt merkitys. Rekisterit soveltuvatkin hyvin terveystutkimusten aineistoiksi tietojen luotettavuuden ja kattavuuden vuoksi. Tietokoneet ja ohjelmistot mahdollistavat suurten aineistojen käsittelyn, ja ne ovat poistaneet tekniset esteet rekisterien tutkimuskäytöltä. Nykyinen Suomen viranomaisrekisterejä koskeva tietosuojakäytäntö tarjoaa mahdollisuudet suhteellisen joustavaan rekisterien tutkimuskäyttöön rekisteriyhdistelyt mukaanlukien. Euroopan Unioniin liittymisen myötä valmisteluun tulleessa tietosuojalainsäädännön uudistuksessa olisi syytä ottaa huomioon myös tutkimuksen tarpeet.