Tutkimusprofessori Juhani Eskola on nimitetty Kansanterveyslaitoksen uuteen ylijohtajan virkaan 17. lokakuuta.2005 alkaen. Hän toimii pääjohtajan tukena laitoksen strategisessa johtamisessa. Lisäksi ylijohtajan tehtäviin kuuluu tutkimustoiminnan tukitoimintojen kehittäminen.

Juhani Eskola on toiminut yleislääkärinä, lastenlääkärinä sekä infektiolääkärinä vuosina 1976–1990, mm. Pielaveden terveyskeskuslääkärinä, HYKS:n lastenklinikan lääkärinä ja infektiotautiopin apulaisprofessorina sekä Auroran sairaalan lastentautien osastojen apulaisylilääkärinä.

Kansanterveyslaitoksessa Eskola oli aluksi rokotetutkijana, jolloin hän perehtyi rokotteisiin, niiden kehittämiseen, käyttöön ja rokotusohjelmien vaikutuksiin. Vuosina 1991–1995 hän toimi laitokseen perustetun uuden Infektioepidemiologian osaston johtajana ja vuosina 1996–1999 Kansanterveyslaitoksen Rokoteosaston johtajana.

2000-luvun neljä ensimmäistä vuotta Eskola oli Aventis-Pasteurin, maailman suurimman rokotevalmistajan lääketieteellisenä johtajana (Senior Vice President) Lyonissa, Ranskassa. Hän vastasi rokotteiden kliinisestä kehityksestä sekä lääketieteellisistä asioista ja johti runsaan 300 tutkijan osastoa Ranskassa, Yhdysvalloissa ja Kanadassa.

Suomeen palattuaan vuoden 2004 alusta Juhani Eskola on toiminut sosiaali- ja terveysministeriön neuvottelevana virkamiehenä sekä sittemmin Kansanterveyslaitoksen tutkimusprofessorina. Tänä aikana hän on tehnyt muun muassa selvityksen terveydenhuollon varautumisesta biologisiin uhkatilanteisiin ja ehdotuksen Kansanterveyslaitoksen bioteknologiastrategiaksi.