1. Lääkärilehti
  2. Ajassa
  3. Geenitutkimusten sattumalöydökset – mitä tehdä?
Tiede­pääkirjoitus 22/2019 vsk 74 s. 1391

Geenitutkimusten sattumalöydökset – mitä tehdä?

Kuvituskuva 1

Juha W. Koskenvuo

lääketieteellinen johtaja

Blueprint Genetics Oy

Massiivisen rinnakkaissekvensoinnin menetelmien tekniset edistysaskeleet ovat mahdollistaneet kustannustehokkaat geenitutkimukset osana rutiinidiagnostiikkaa. Viime aikoina eksomisekvensoinnin kliininen käyttö on yleistynyt, koska sen diagnostinen osuvuus on usein parempi kuin kohdennettujen geenipaneelitutkimusten. Se tähtää geenien proteiineja koodaaviin alueisiin, jotka vastaavat noin 1–1,5 %:a ihmisen perimästä.

Geenitestien käyttäminen sairaanhoidossa rajoittuu tyypillisesti harvinaisten monogeenisten tautien diagnostiikkaan, jossa tavoitteena on tunnistaa tautia aiheuttavat geenivirheet. Jokaiselta ihmiseltä löytyy eksomisekvensoinnissa noin 30 000 perimänmuutosta. Yli 95 % näistä muutoksista on väestöaineistoissa niin yleisiä, että niiden kausaalinen yhteys harvinaiseen sairauteen voidaan sulkea pois.

Tärkeintä on jo ennen geenitutkimuksen tilaamista keskustella mahdollisista löydösvaihtoehdoista.

American College of Medical Genetics (ACMG) on laatinut perimänmuutosten systemaattista arviointia varten viisiportaisen luokittelujärjestelmän (11 Richards S, Aziz N, Bale S ym; ACMG Laboratory Quality Assurance Committee. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med 2015;17:405–24.). Kaksi syy-yhteyden suhteen varminta luokkaa ovat tautia aiheuttava (pathogenic, P) ja todennäköisesti tautia aiheuttava (likely pathogenic, LP). Näiden luokkien geenivirheen tunnistaminen muodostaa joko yksin tai parittaisena – sairauden periytysmallin mukaan – potilaan geneettisen diagnoosin, mikäli geeniin liittyvä sairaus sopii potilaan taudinkuvaan.

Eksomisekvensoinnista raportoidaan yleensä vain potilaan taudinkuvaan liittyviä geenivirheitä. Näin voidaan välttää todennäköisesti merkityksettömien geenivirheiden raportoiminen. Tyypillisimpiä sattumalöydöksiä ovat harvinaisen geenivirheen löytyminen geenistä, joka ei liity potilaan senhetkiseen oirekuvaan, tai geenivirheen kantajuuden löytyminen peittyvästi tai X-kromosomaalisesti periytyvissä sairauksissa.

ACMG on listannut 59 geeniä, joiden virheisiin liittyviä sairastumisriskejä voidaan ehkäistä, hoitaa tai seuloa tehokkaasti. Potilaan tai hänen vanhempiensa niin toivoessa näistä geeneistä tulisi myös raportoida tautia aiheuttavia geenivirheitä sivulöydöksinä, vaikka ne eivät liity senhetkiseen tautiin (22 Kalia SS, Adelman K, Bale SJ ym. Recommendations for reporting of secondary findings in clinical exome and genome sequencing, 2016 update (ACMG SF v2.0): a policy statement of the American College of Medical Genetics and Genomics. Genet Med 2017;19:249–55.). Suurin osa näistä geeneistä liittyy joko perinnölliseen syöpäalttiuteen tai perinnöllisiin sydänsairauksiin.

Lue myös

Eksomisekvensoinnissa havaitaan lisälöydöksinä P- tai LP-geenivirheitä noin 5 %:lla tutkituista. Lisä- ja sattumalöydösten raportoiminen vaihtelee laboratorioittain, ja tämä on hyvä selvittää jo testiä tilatessa. Osa tarjoaa löydökset vain ACMG:n listaamista geeneistä, toiset useammista, ja osa raportoi jopa kantajuuslöydöksiä peittyvästi periytyvistä vaikeista sairauksista. Eksomisekvensoinnin ja geenipaneelitutkimusten laboratorioprotokollaa ollaan yhtenäistämässä, ja tämä mahdollistaisi teknisesti sivulöydösten raportoinnin myös paneelidiagnostiikan yhteydessä.

Mitä siis tehdä sattumalöydöksille? Tärkeintä on jo ennen geenitutkimuksen tilaamista keskustella potilaan tai hänen vanhempiensa kanssa mahdollisista löydösvaihtoehdoista. Mikäli potilaalta tunnistetaan lisälöydöksiä, selvitä hänelle löydökseen liittyvä sairastumisriski, mitä ehkäisy- ja hoitomahdollisuuksia on tarjolla ja millainen on geenivirheen riski perheenjäsenillä. Tarjolla saattaa olla tehokkaita hoitoja, kuten statiinihoito familiaaliseen hyperkolesterolemiaan tai beetasalpaajat pitkä QT -oireyhtymään. Kannattaa kysyä potilaalta lisälöydöksenä raportoidun sairauden esiintymisestä suvussa, rohkaista häntä kertomaan löydöksestä lähisukulaisille ja ohjata hänet perinnöllisyysneuvontaan. Tutkittavan oma aktiivisuus on ainoa tie lähisukulaisten kohdennettuihin geenitutkimuksiin.

Kirjoittajat
Juha W. Koskenvuo
lääketieteellinen johtaja
Blueprint Genetics Oy
Sidonnaisuudet

Juha Koskenvuo: Hallituksen jäsenyys, osakkeet ja työsuhde (Blueprint Genetics Oy), luentopalkkiot (Sanofi)

Kirjallisuutta
1
Richards S, Aziz N, Bale S ym; ACMG Laboratory Quality Assurance Committee. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med 2015;17:405–24.
2
Kalia SS, Adelman K, Bale SJ ym. Recommendations for reporting of secondary findings in clinical exome and genome sequencing, 2016 update (ACMG SF v2.0): a policy statement of the American College of Medical Genetics and Genomics. Genet Med 2017;19:249–55.

Etusivulla juuri nyt

Tieteessä
Viesti oikein - terveydenhuolto parantuu

Lääkärin hyvin esittämät, valitut kysymykset voivat voimauttaa potilasta, edistää hoitoa ja kuntoutumista, selviää väitöstutkimuksesta.

Kommentti
Näivettyä vai kehittyä?

Terveyskeskus kaipaa radikaalia uudelleenmäärittelyä, kirjoittaa Petja Orre.

Ajassa
STM:n budjetti kutistuu ensi vuonna miljoonilla

Ministeriön ehdotus ensi vuoden määrärahoiksi on 14,9 miljardia euroa.

Ajassa
Uudenmaan erillisratkaisu sai ilmaa alleen

Selvitysten pohjaksi noussee kuntien ehdottama viiden sote-alueen malli.

Ajassa
Lääkärintodistusten sähköinen välitys Kelaan toimii harvassa paikassa

Toiminto puuttuu vielä useista potilastietojärjestelmistä.

Ajassa
Influenssarokotteet myöhästyvät

Laajamittaisia joukkorokotuspäiviä ei kannata järjestää ennen marraskuun loppua, ohjeistaa THL.