Vain osa PCR-testeistä tunnistaa omikronin suoraan
Käsitys koronaviruksen omikron-muunnoksen leviämisestä saadaan nopeammin niillä alueilla, joissa käytössä on S-geeninegatiivisuuden tunnistava PCR-testi.
Koronaviruksen omikron-muunnoksen leviämisestä saadaan nopeimmin tietoa S-geeninegatiivisuuden tunnistavien PCR-testien avulla, mutta tällaisia testejä ei ole käytössä kaikissa laboratorioissa.
Osassa Suomea tieto omikron-tartunnoista saadaan siis hitaammin kuin muualla.
Esimerkiksi Husin alueella on käytössä PCR-testausmenetelmä, joka tunnistaa omikronille tyypillisen S-geeninegatiivisuuden.
– Meillä käytössä oleva menetelmä tunnistaa S-geeninegatiivisuuden heti perusanalyysissä, muilla menetelmillä joudutaan tekemään jatkoanalyysi. Jos virus halutaan tyypittää, se pitää lisäksi sekvensoida, kertoo Husin diagnostiikkajohtaja Lasse Lehtonen.
Kaikkia Husissa tehtäviä koronatestejä ei tosin testata S-geeninegatiivisuuden suoraan tunnistavalla menetelmällä.
Kaikki S-geeninegatiiviset PCR-testit eivät ole omikron-varianttia.
Noin puolet testeistä S-geeninegatiivisia
Antigeenipikatestiä käyttävässä Lapin sairaanhoitopiirissä saadaan heti tieto tartunnasta. Vastaus S-geeninegatiivisuudesta saadaan vuorokauden tai kahden sisällä osassa PCR-testeistä, riippuen käytettävästä laboratoriosta.
– Antigeenitesti on Lapin sairaanhoitopiirin koronanyrkki, kertoo infektiotautien ylilääkäri Markku Broas.
Osa Lapissa otetuista PCR-testeistä lähetetään Synlabiin tutkittavaksi.
– Meidän tuotantoalustamme monistaa viruksesta kolme geeniä: N-, ORF1- ja S-geenin, eli piikkiproteiinin. Omikronissa on S-geenissä iso deleetio, joka näyttäytyy niin, ettei S-geeni monistu positiivisissa koronanäytteissä, kertoo lääketieteellinen johtaja Sohvi Hörkkö Synlabista.
Tällä hetkellä noin puolet Synlabiin tulleista koronapositiivisista näytteistä on sellaisia, joissa S-geeni ei monistu. Tämä kertoo omikronin leviämisestä, vaikka tieto varmistuukin vasta sekvensoinnissa, useiden päivien kuluttua.
– Kehitys on ollut rivakampaa pääkaupunkiseudulla, mutta kyllä löydöksiä on jo ympäri Suomea, Hörkkö kertoo.
Fimlabissa käytössä oleva PCR-testi ei mikrobiologian erikoisalajohtaja Tapio Seiskarin mukaan osoita S-geeninegatiivisuutta, vaan tieto omikron-variantista paljastuu vasta sekvensoinnissa.
Fimlab tuottaa laboratoriopalveluita Pirkanmaan, Keski-Suomen, Kanta-Hämeen, Vaasan sairaanhoitopiirien sekä Päijät-Hämeen hyvinvointikuntayhtymän julkisen terveydenhuollon tarpeisiin.
Myöskään NordLabissa, joka toimii Kainuun, Keski-Pohjanmaan, Lapin, Länsi-Pohjan ja Pohjois-Pohjanmaan sairaanhoitopiirien alueella ei ole käytössä S-geeninegatiivisuuden tunnistavaa PCR-testiä.
– Tieto mahdollisista omikron-varianteista saadaan THL:n sekvensointitulosten perusteella. Tarvittaessa kiireellisiä näytteitä voidaan lisäksi ohjata sekvensoitavaksi VITA-laboratorioon, kertoo mikrobiologian vastuualuepäällikkö Laura Savolainen.
Kohta tiedolla ei ole enää väliä
Omikron leviää vääjäämättä kaikkialla Suomessa. Lapissa oli Markku Broaksen mukaan keskiviikkona tiedossa 13 S-geeninegatiivista koronatestiä, joista kaksi ulkomaiselta matkailijalta otettua testiä on sekvensoinnilla varmistettu omikroniksi.
Aikaisemmin kaikki Husissa otetut rajanäytteet ja S-geeninegatiiviset näytteet lähetettiin myös sekvensoitavaksi, mutta tämä ei enää onnistu, kun S-geeninegatiivisten testien määrä on kasvanut. Viime viikolla niitä oli yli 2500.
Varsin pian tieto koronanäytteen S-geeninegatiivisuudesta tosin menettää merkityksensä, sillä omikronin määrä etenkin pääkaupunkiseudulla kasvaa huimaa vauhtia.
– Pääkaupunkiseudulla omikron on jo valtavariantti: sen osuus Husin näytteissä oli jo tiistaina 70 prosenttia, Lehtonen kertoo.
