Uudella lääkärisopimuksella toteutettiin myös kunnallisen palkkausjärjestelmän kehittämisohjelma lääkärien osalta vuosina 2003 ja 2004.

Kunnallisen työmarkkinalaitoksen kunnanhallituksille ja kuntayhtymille lähetetyssä yleiskirjeessä (1/2003) käsitellään kunnallisen palkkausjärjestelmän kehittämistoimenpiteitä eli ns. kunnallista palkkaohjelmaa. Siinä asia on ilmaistu selvemmällä tavalla kuin itse Lääkärisopimuksen tekstissä. Yleiskirjeen ovat allekirjoittaneet työmarkkinajohtaja Jouni Ekuri ja neuvottelupäällikkö Heikki Saipio.

Yleiskirjeessä todetaan, että lääkärisopimus ei kuulu em. kehittämissopimuksen piiriin, mutta lääkärit saavat vuosilta 2003-2004 muita sopimusaloja vastaavan 1,3 % suuruisen erän joko työryhmien työn tuloksena tai paikallisena eränä 16.2.2005 lukien.

Lääkärisopimuksen allekirjoituspöytäkirjan 9 pykälä:ssä oli todettu, että jatketaan lääkärisopimuksen 2001-2002 työryhmien toimikautta. Työryhmien tulee työssään tarkastella palkkaus- ja työaikajärjestelmiä kokonaisuutena sekä ottaa huomioon kansallisen terveysprojektin tavoitteet ja valtioneuvoston asiaa koskeva periaatepäätös. Työryhmien yksimieliset ehdotukset sopimusmuutoksiksi toteutetaan sopimuskauden aikana erikseen sovittavalla tavalla, jolloin voidaan paikallisesti hyödyntää mm. vuoden 2004 järjestelyeräratkaisua.