Aiemmin keliakia todettiin vasta, kun oireet olivat selviä, ja ohutsuolessa näkyi tällöin kiistaton suolinukan madaltuminen. Nykyään tauti todetaan varhaisemmin, joten dia- gnostiikassa kohdataan uusia vaikeuksia. Dia-gnoosi perustuu ohutsuolikoepalaan, mutta sen tulkinta on rajatapauksissa vaikeaa, ja siksi näytteiden on oltava laadukkaita. Lisäksi on selvitettävä oireet, sukuanamneesi ja samanaikaiset autoimmuunisairaudet. IgA-luokan endomysium- ja kudostransglutaminaasivasta-aineet soveltuvat keliakian alustavaan seulontaan. Diagnostiikassa on myös huomattava taudille ominaisten tulehdussolujen esiintyminen sekä kliininen ja histologinen vaste gluteenittomaan ruokavalioon.