Aaltomaisen multippeliskleroosin hoidossa on otettu käyttöön kaksi geenitekniikan menetelmin valmistettua beetainterferonia, 1b ja 1a. Ensimmäiset havainnot MS-tautia hillitsevästä vaikutuksesta saatiin beeta-1b-interferonista, jolla pahenemisvaiheiden määrä ja magneettikuvauksella todettu taudin aktiivisuus ja aivomuutokset vähenivät. Beeta-1a-interferonin vaikutukset ovat samansuuntaiset, mutta lisäksi sen on esitetty hidastavan MS-potilaan toimintakyvyn heikkenemistä. Seurantatutkimus beeta-1b-interferonin vaikutuksista on osoittanut lääkkeen tehon heikentyvän osalla potilaista, joille kehittyi interferonia neutraloivia vasta-aineita. Kolmanneksella potilaista vasta-aineiden muodostus käynnistyi ensimmäisen hoitovuoden kuluessa. Kolmen vuoden hoidon jälkeen neutraloivia vasta-aineita todettiin 38 %:lla potilaista. Kolmasosalla heistä taudin pahenemisvaiheet ja magneettikuvauksessa havaitut muutokset lisääntyivät puolentoista vuoden kuluttua hoidon aloittamisesta. Beeta-1a-interferonia neutraloivien vasta-aineiden kliinisestä merkityksestä tiedetään vähemmän. Koska vasta-aineiden muodostumiseen ei aina liity toimintakyvyn heikkenemistä, päätökset hoidon jatkamisesta perustuvat ensisijaisesti kliiniseen kuvaan. Testejä vasta-aineiden toteamiseksi tarvitaan kuitenkin tulevaisuudessa päätöksenteon tueksi.