1. Lääkärilehti
  2. Ajassa
  3. Uuden Fin-796H-koronavariantin koko genomi on määritetty
Ajan­kohtai­sta

Uuden Fin-796H-koronavariantin koko genomi on määritetty

Potilaita, joilta Fin-796H-variantti on sekvensoimalla varmistettu, on nyt kaksi. Kummatkin ovat samasta tartuntaketjusta Suomessa.

Uuden Fin-796H-koronavariantin koko genomi on määritetty Kuva 1 / 1 Kuva: Alexander Limbach/Adobe/AOP

Suomesta viikko sitten raportoidun Fin-796H-variantin koko genomi on määritetty. Sekvensointitutkimuksessa on varmistunut, että kyseessä on uniikki maailmalla aiemmin tunnistamaton SARS-CoV-2-viruksen variantti. Fin-796H poikkeaa aiemmista varianteista vähintään 15 kohdassa viruksen perimää eli genomia.

– Näin suurta määrää muutoksia ei synny hetkessä, joten voidaan olettaa, että variantti on kehittynyt pidempään jossain muualla kuin Suomessa. Muualta tätä varianttia ei kuitenkaan ole raportoitu, ja siten on mahdollista, että variantin alkuperä on alueella, jolla virusten perimän sekvensointia tehdään vähän tai ei lainkaan, kertoo Biotekniikan instituutin sekvensointiyksiköstä vastaava tutkimusjohtaja Petri Auvinen tiedotteen mukaan.

Potilaita, joilta Fin-796H-variantti on sekvensoimalla varmistettu, on nyt kaksi. Kummatkin ovat samasta tartuntaketjusta Suomessa. Samaan tartuntaketjuun liittyy neljä muutakin potilasta, joilla diagnoosi on varmistettu PCR-menetelmällä. Siten varianttia on todennäköisesti kahden varmistetun lisäksi ainakin neljällä muulla potilaalla.

Suomessa koronavirusdiagnostiikassa käytetään PCR-testejä, joissa tunnistetaan kaksi tai kolme aluetta viruksen genomista. Ainakin kahdessa kaupallisessa PCR-koronavirustestissä Fin-796H-variantti ei tunnistu kuin yhdeltä tunnistusalueelta, koska Fin-796H-variantissa on tunnistamisen estävä mutaatio toisella tunnistusalueella. Tällöin Fin-796H:n tunnistaminen jää yhden alueen tunnistamisen varaan. Havainto on merkittävä, koska ajan mittaan on mahdollista, että viruksen edelleen muuntuessa toiseenkin tunnistusalueeseen tulee mutaatio, jolloin PCR-testit eivät tunnista virusta ollenkaan.

Lue myös

– Nyt kun tämä riski on havaittu, PCR-testejä pystytään kehittämään sellaisiksi, että ne toimivat jatkossakin luotettavasti. Variantti kuitenkin lisää riskiä, että jossain päin maailmaa tämä variantti pääsisi vaivihkaa leviämään ilman, että paikalliset testit sitä havaitsisivat, kertoo Vita Laboratorioiden kliinisen mikrobiologian erikoislääkäri, dosentti Sakari Jokiranta.

Variantin genomi on toimitettu kansainväliseen GISAID-genomitietokantaan. Lisäksi Vita ja Biotekniikan instituutti ovat toimittaneet sekvensointituloksensa, muut varianttiin liittyvät tiedot ja varianttia sisältävän potilasnäytteen Terveyden ja hyvinvoinnin laitokselle. Vita on myös välittänyt tiedot Fin-796H-tartunnoista asianomaisten pääkaupunkiseudun kuntien tartuntatautilääkäreille sekä HUS:lle viranomaistyönä tehtävää tartunnanjäljitystä varten.

Kirjoittajat
Hertta Vierula

Etusivulla juuri nyt

Ajassa
Ainakin 13 900 lääkäriä on saanut koronarokotuksen Suomessa

Alueellinen vaihtelu lääkäreiden rokotuskattavuudessa oli 48–77 prosenttia.

Ajassa
Lääketieteen Säätiön apurahahaku alkoi

Säätiö jakaa apurahoja lääketieteelliseen tutkimukseen kaikille aloille.

Ajassa
Lääkärilehti Forum maanantaina – vielä ehdit mukaan

Ensimmäiseen Lääkärilehti Forum -verkkotapahtumaan ehtii vielä mukaan.

Ajassa
Kiinnostus lääkärin ammattiin syttyi varhain

Anna Rukko kiinnostui lääkärin ammatista jo 11-vuotiaana, kun hän sairastui ­melanoomaan.

Ajassa
Koulutettavista voimaa työpäivään

On voimaannuttava kokemus, kun näkee koulutettavien kasvavan tehtäväänsä, kertoo Sinikka Haakana.